Ngày 16/5/1946 Hội đồng nhân dân tỉnh Hà Tĩnh đã họp phiên đầu tiên, quyết định những vấn đề quan trọng về phát triển kinh tế và văn hóa ở địa phương, cải cách dân chủ, cải cách xã hội và xây dựng lực lượng vũ trang của tỉnh, bầu ra Ủy ban hành chính tỉnh.
Năm 1976, nhập hai tỉnh Nghệ An và Hà Tĩnh thành tỉnh Nghệ Tĩnh. Ban Tổ chức Chính quyền tỉnh thực hiện chức năng quản lý nhà nước về công tác tổ chức chính quyền và hình thành hệ thống tổ chức nhà nước từ tỉnh đến huyện.
Tháng 9, năm 1991, tỉnh Hà Tĩnh được tái lập theo Nghị quyết kỳ họp thứ 9 Quốc hội khóa VIII. Ngày 07/9/1991, Ủy ban nhân dân tỉnh đã ban hành Quyết định số 54/QĐ-UB về việc thành lập tổ chức bộ máy các sở, ban, ngành cấp tỉnh.
Ngày 08/7/2008 Ủy ban nhân dân tỉnh Hà Tĩnh ban hành Quyết định số 1884/QĐ-UBND quy định, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Y tế Hà Tĩnh.
Thực hiện Nghị định số 13/2008/NĐ-CP của Chính phủ Quy định tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương , hiện nay Sở Y tế có 6 phòng chuyên môn và 12 đơn vị trực thuộc.