1. Lãnh đạo Sở gồm: 01 Giám đốc và 03 Phó Giám đốc

- Giám đốc Sở: Ông Nguyễn Minh Đức

- 03 Phó Giám đốc Sở: Ông Đường Công Lự, Ông Lê Chánh Thành, Ông Bùi Quốc Hùng.

a) Giám đốc Sở: Giám đốc Sở lãnh đạo, chỉ đạo, quản lý, điều hành chung tất cả các hoạt động của Sở theo chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn được Ủy bân nhân dân tỉnh giao và các nhiệm vụ do pháp luật quy định; chịu trách nhiệm trước Tỉnh ủy, Hộ đồng nhân dân tỉnh, Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh, Ủy ban nhân dân tỉnh, Bộ Y tế và pháp luật về toàn bộ hoạt động của Sở Y tế.

b) Phó Giám đốc Sở giúp Giám đốc Sở chỉ đạo từng lĩnh vực công tác được phân công; sử dụng quyền hạn của Giám đốc Sở để giải quyết các công việc thuộc lĩnh vực mình phụ trách. Trong phạm vi quyền hạn được giao, các Phó Giám đốc Sở chủ động giải quyết công việc thuộc lĩnh vực; những việc quan trọng, vượt quá thẩm quyền giải quyết thì báo cáo xin ý kiến Giám đốc Sở trước khi quyết định; nếu có vấn đề liên quan công việc của các Phó Giám đốc Sở khác thì các Phó Giám đốc Sở hội ý bàn bạc giải quyết, nếu không thống nhất báo cáo Giám đốc để xem xét, quyết định. Trường hợp Giám đốc Sở đi công tác vắng, uỷ quyền cho một đồng chí Phó Giám đốc Sở điều hành công việc chung của Sở. Các Phó Giám đốc Sở có trách nhiệm báo cáo Giám đốc Sở nội dung và kết quả các hội nghị, cuộc họp được Giám đốc ủy quyền tham dự hoặc chủ trì.

Các Phó Giám đốc chịu trách nhiệm trước pháp luật, trước Giám đốc về các quyết định liên quan khi thực hiện nhiệm vụ được giao.

2. Quy chế làm việc.

Chế độ làm việc của Lãnh đạo Sở thực hiện theo Quy chế của Sở Y tế do Giám đốc Sở quyết định ban hành.

Giám đốc và Phó Giám đốc hoạt động theo nguyên tắc chế độ của thủ trưởng, với nguyên tắc tập thể lãnh đạo, cá nhân trực tiếp phụ trách điều hành công việc theo chế độ thủ trưởng.

Giúp lãnh đạo Sở có các phòng chuyên môn Sở, các đơn vị trực thuộc;

Thủ trưởng các đơn vị trực thuộc chịu trách nhiệm trước pháp luật, trước lãnh đạo Sở mọi hoạt động của đơn vị mình; khi có vấn đề vượt thẩm quyền của đơn vị theo Quy chế hiện hành, xin ý kiến của lãnh đạo Sở để chỉ đạo giải quyết.

Hàng ngày tại cơ quan văn phòng Sở phải có ít nhất 01 đồng chí lãnh đạo Sở thường trực giải quyết công việc; nếu có vấn đề khó khăn phải thông báo cho Giám đốc hoặc Phó Giám giám đốc có liên quan khác bằng điện thoại để cùng nhau thống nhất giải quyết.

3. Cơ cấu tổ chức

a) Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ thuộc Sở:

- Văn phòng

- Phòng Thanh tra

- Phòng Tổ chức cán bộ

- Phòng Kế hoạch - Tài chính

- Phòng Nghiệp vụ Y

- Phòng Nghiệp vụ Dược

b) Chi cục trực thuộc Sở:

- Chi cục Dân số - Kế hoạch hóa gia đình

- Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm

c) Các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở:

- Tuyến tỉnh:

+ Bệnh viện Đa khoa tỉnh

+ Bệnh viện Y học cổ truyền

+ Bệnh viện Phục hồi chức năng

+ Bệnh viện Phổi

+ Bệnh viện Sức khỏe tâm thần

+ Bệnh viện Mắt

+ Trung tâm Kiểm soát bệnh tật Hà Tĩnh

+ Trung tâm Kiểm nghiệm thuốc, mỹ phẩm, thực phẩm

+ Trung tâm Pháp y và Giám định y khoa

- Tuyến huyện, thị xã, thành phố:

+ 1 Bệnh viện Đa khoa thị xã Kỳ Anh

3. Biên chế.

a) Biên chế các đơn vị quản lý nhà nước (Văn phòng Sở Y tế, Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm và Chi cục Dân số - KHHGĐ) do UBND tỉnh giao hàng năm.

b) Biên chế các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở do UBND tỉnh giao hàng năm.