1. Lãnh đạo Sở gồm: 01 Giám đốc và 02 Phó Giám đốc

- Giám đốc Sở: Ông Nguyễn Minh Đức

- 02 Phó Giám đốc Sở: Ông Đường Công Lự, Ông Lê Chánh Thành.

a) Giám đốc Sở: Phụ trách chung, chịu trách nhiệm trước pháp luật, trước Tỉnh ủy, HĐND, UBND tỉnh và Bộ Y tế về mọi mặt hoạt động của Ngành.

b) Phó Giám đốc giúp Giám đốc chỉ đạo từng lĩnh vực công tác được Giám đốc phân công; sử dụng quyền hạn của Giám đốc để giải quyết các công việc thuộc lĩnh vực mình phụ trách. Trong phạm vi quyền hạn được giao, các Phó Giám đốc chủ động giải quyết công việc, đối nội, đối ngoại thuộc lĩnh vực; những việc vượt quá thẩm quyền giải quyết thì báo cáo xin ý kiến Giám đốc để giải quyết; nếu có vấn đề liên quan công việc của các Phó Giám đốc khác thì các Phó giám đốc hội ý bàn bạc giải quyết, nếu không thống nhất  báo cáo Giám đốc để giải quyết. Trường hợp Giám đốc đi công tác vắng, uỷ quyền cho một đồng chí Phó Giám đốc điều hành công việc chung của Sở thay Giám đốc. Các Phó Giám đốc có trách nhiệm báo cáo Giám đốc nội dung và kết quả các hội nghị, cuộc họp được Giám đốc ủy quyền tham dự hoặc chủ trì.

Các Phó Giám đốc chịu trách nhiệm trước pháp luật, trước Giám đốc về các quyết định liên quan khi thực hiện nhiệm vụ được giao.

2. Quy chế làm việc.

Chế độ làm việc của Lãnh đạo Sở thực hiện theo Quy chế của Sở Y tế do Giám đốc Sở quyết định ban hành.

Giám đốc và Phó Giám đốc hoạt động theo nguyên tắc chế độ của thủ trưởng, với nguyên tắc tập thể lãnh đạo, cá nhân trực tiếp phụ trách điều hành công việc theo chế độ thủ trưởng.

Giúp lãnh đạo Sở có các phòng chuyên môn Sở, các đơn vị trực thuộc;

Thủ trưởng các đơn vị trực thuộc chịu trách nhiệm trước pháp luật, trước lãnh đạo Sở mọi hoạt động của đơn vị mình; khi có vấn đề vượt thẩm quyền của đơn vị theo Quy chế hiện hành, xin ý kiến của lãnh đạo Sở để chỉ đạo giải quyết.

Hàng ngày tại cơ quan văn phòng Sở phải có ít nhất 01 đồng chí lãnh đạo Sở thường trực giải quyết công việc; nếu có vấn đề khó khăn phải thông báo cho Giám đốc hoặc Phó Giám giám đốc có liên quan khác bằng điện thoại để cùng nhau thống nhất giải quyết.

3. Cơ cấu tổ chức

a) Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ thuộc Sở:

- Văn phòng

- Phòng Thanh tra

- Phòng Tổ chức cán bộ

- Phòng Kế hoạch - Tài chính

- Phòng Nghiệp vụ Y

- Phòng Nghiệp vụ Dược

b) Chi cục trực thuộc Sở:

- Chi cục Dân số - Kế hoạch hóa gia đình

- Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm

c) Các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở:

- Tuyến tỉnh:

+ Bệnh viện Đa khoa tỉnh

+ Bệnh viện Y học cổ truyền

+ Bệnh viện Phục hồi chức năng

+ Bệnh viện Phổi

+ Bệnh viện Tâm thần

+ Bệnh viện Mắt

+ Trung tâm Kiểm soát bệnh tật Hà Tĩnh

+ Trung tâm Kiểm nghiệm thuốc, mỹ phẩm, thực phẩm

+ Trung tâm Pháp y và Giám định y khoa

- Tuyến huyện, thị xã, thành phố:

+ 6 Bệnh viện Đa khoa huyện, thị xã, thành phố (Gồm: BVĐK thị xã Kỳ Anh, BVĐK huyện Cẩm Xuyên, BVĐK Thành Phố, BVĐK huyện Lộc Hà, BVĐK huyện Hương Khê, BVĐK huyện Đức Thọ)

+ 1 Bệnh viện đa khoa khu vực cửa khẩu quốc tế Cầu Treo (Trực thuộc UBND huyện)

+ 13 Trung tâm Y tế tuyến huyện: TTYT huyện Vũ Quang, TTYT huyện Can Lộc, TTYT huyện Thạch Hà, TTYT TX Hồng Lĩnh, TTYT huyện Nghi Xuân, TTYT huyện Hương Sơn, TTYT Thành phố, TTYT huyện Hương Khê, TTYT huyện Đức Thọ, TTYT huyện Lộc Hà, TTYT huyện Cẩm Xuyên, TTYT thị xã Kỳ Anh, TTYT huyện Kỳ Anh. (Trực thuộc UBND huyện)

+ 216 Trạm Y tế xã, phường, thị trấn trực thuộc Trung tâm Y tế dự phòng huyện, thị xã, thành phố.

3. Biên chế.

a) Biên chế các đơn vị quản lý nhà nước (Văn phòng Sở Y tế, Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm và Chi cục Dân số - KHHGĐ) do UBND tỉnh giao hàng năm.

b) Biên chế các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở do UBND tỉnh giao hàng năm.