1. Lãnh đạo: Sở Y tế có Giám đốc và các Phó Giám đốc. Số lượng Phó Giám đốc thực hiện theo quy định của cấp có thẩm quyền. 

a) Giám đốc Sở Y tế là người đứng đầu Sở Y tế do Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh bổ nhiệm, chịu trách nhiệm trước Ủy ban nhân dân tỉnh, Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh và trước pháp luật về thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Sở Y tế và các nhiệm vụ, quyền hạn khác được Ủy ban nhân dân tỉnh, Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh giao, phân công, phân cấp hoặc ủy quyền (nếu có). 

b) Phó Giám đốc Sở Y tế do Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh bổ nhiệm theo đề nghị của Giám đốc Sở Y tế, giúp Giám đốc Sở thực hiện một hoặc một số nhiệm vụ cụ thể do Giám đốc Sở phân công và chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở và trước pháp luật về thực hiện nhiệm vụ được phân công. Khi Giám đốc Sở vắng mặt, một Phó Giám đốc Sở được Giám đốc Sở ủy quyền thay Giám đốc Sở điều hành các hoạt động của Sở. Phó Giám đốc Sở không kiêm nhiệm người đứng đầu tổ chức, đơn vị thuộc và trực thuộc sở, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác;

c) Việc bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, miễn nhiệm, điều động, luân chuyển, cho từ chức, nghỉ hưu, khen thưởng, kỷ luật và thực hiện chế độ chính sách khác đối với Giám đốc, Phó Giám đốc Sở Y tế do Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh quyết định theo quy định của pháp luật.

2. Cơ cấu tổ chức:

a) Phòng Tổ chức - Hành chính;

b) Thanh tra;

c) 04 phòng chuyên môn:

Phòng Kế hoạch - Tài chính;

Phòng Nghiệp vụ Y;

Phòng Nghiệp vụ Dược;

Phòng Bảo trợ xã hội và Phòng chống tệ nạn xã hội.

d) Các chi cục trực thuộc:

Chi cục Dân số;

Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm.

đ) 13 đơn vị sự nghiệp công lập:

Bệnh viện Đa khoa tỉnh Hà Tĩnh;

Bệnh viện Phục hồi chức năng Hà Tĩnh;

Bệnh viện Y học cổ truyền Hà Tĩnh;

Bệnh viện Phổi Hà Tĩnh;

Bệnh viện Mắt Hà Tĩnh;

Bệnh viện Sức khỏe tâm thần Hà Tĩnh;

Bệnh viện Đa khoa thị xã Kỳ Anh;

Trung tâm Kiểm soát bệnh tật;

Trung tâm Pháp y và Giám định y khoa; 

Trung tâm Kiểm nghiệm Thuốc, Mỹ phẩm, Thực phẩm; 

Trung tâm Công tác xã hội - Giáo dục nghề nghiệp cho người khuyết tật; 

Làng Trẻ em mồ côi Hà Tĩnh; 

Trung tâm Bảo vệ chăm sóc sức khỏe cán bộ tỉnh. 

e) Việc bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, điều động, cho từ chức, nghỉ hưu, khen thưởng, kỷ luật và thực hiện chế độ, chính sách khác đối với người đứng đầu và cấp phó người đứng đầu Thanh tra Sở, các phòng, chi cục, đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở Y tế thực hiện theo quy định của pháp luật và phân cấp của Ủy ban nhân dân tỉnh.

3. Biên chế công chức, số lượng người làm việc trong các đơn vị sự nghiệp công lập của Sở Y tế được giao trên cơ sở vị trí việc làm gắn với chức năng, nhiệm vụ, phạm vi hoạt động, khối lượng công việc và nằm trong tổng biên chế công chức, tổng số người làm việc trong các đơn vị sự nghiệp công lập của tỉnh, được cấp có thẩm quyền giao, phê duyệt. Căn cứ chức năng, nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức và danh mục vị trí việc làm được cấp có thẩm quyền phê duyệt, hàng năm, Sở Y tế xây dựng kế hoạch biên chế công chức, số lượng người làm việc trong các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc trình Ủy ban nhân dân tỉnh để trình cấp có thẩm quyền xem xét, quyết định.